索引

_

__call__() （habit.core.preprocessing.adaptive_histogram_equalization.AdaptiveHistogramEqualization 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.base_preprocessor.BasePreprocessor 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.custom_preprocessor_template.CustomPreprocessor 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.dcm2niix_converter.Dcm2niixConverter 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.histogram_standardization.HistogramStandardization 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.n4_correction.N4BiasFieldCorrection 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.registration.RegistrationPreprocessor 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.resample.ResamplePreprocessor 方法） __call__() （habit.core.preprocessing.zscore_normalization.ZScoreNormalization 方法） __contains__() （habit.core.common.config_base.BaseConfig 方法） __enter__() （habit.utils.parallel_utils.ParallelProcessor 方法） __exit__() （habit.utils.parallel_utils.ParallelProcessor 方法） __getitem__() （habit.core.common.config_base.BaseConfig 方法） __init__() （habit.core.common.config_base.BaseConfig 方法） __init__() （habit.core.common.config_base.ConfigAccessor 方法） __init__() （habit.core.common.config_base.ConfigValidationError 方法） __init__() （habit.core.common.config_loader.PathResolver 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer.HabitatMapAnalyzer 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.extractors.kinetic_feature_extractor.KineticFeatureExtractor 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.extractors.local_entropy_extractor.LocalEntropyExtractor 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.extractors.mean_voxel_features_extractor.MeanVoxelFeaturesExtractor 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.extractors.supervoxel_radiomics_extractor.SupervoxelRadiomicsExtractor 方法）, [1] __init__() （habit.core.habitat_analysis.extractors.voxel_radiomics_extractor.VoxelRadiomicsExtractor 方法）, [1] __init__() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.strategies.base_strategy.BaseClusteringStrategy 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.strategies.direct_pooling_strategy.DirectPoolingStrategy 方法） __init__() （habit.core.habitat_analysis.strategies.one_step_strategy.OneStepStrategy 方法）

__init__() （habit.core.habitat_analysis.strategies.two_step_strategy.TwoStepStrategy 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.base_workflow.BaseWorkflow 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.evaluation.metrics.MetricsCache 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.ModelEvaluator 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.visualization.km_survival.KMSurvivalPlotter 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.visualization.plotting.Plotter 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow.ModelComparison 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.workflows.holdout_workflow.MachineLearningWorkflow 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.workflows.kfold_workflow.MachineLearningKFoldWorkflow 方法） __init__() （habit.core.machine_learning.workflows.prediction_workflow.PredictionWorkflow 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.adaptive_histogram_equalization.AdaptiveHistogramEqualization 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.base_preprocessor.BasePreprocessor 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.custom_preprocessor_template.CustomPreprocessor 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.dcm2niix_converter.Dcm2niixConverter 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.histogram_standardization.HistogramStandardization 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.n4_correction.N4BiasFieldCorrection 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.registration.RegistrationPreprocessor 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.resample.ResamplePreprocessor 方法） __init__() （habit.core.preprocessing.zscore_normalization.ZScoreNormalization 方法） __init__() （habit.utils.log_utils.LoggerManager 方法） __init__() （habit.utils.parallel_utils.ParallelProcessor 方法） __init__() （habit.utils.parallel_utils.ProcessingResult 方法） __init__() （habit.utils.progress_utils.CustomTqdm 方法） __new__()（habit.utils.log_utils.LoggerManager 静态方法） __str__() （habit.core.common.config_base.ConfigValidationError 方法）

A

AdaptiveHistogramEqualization（habit.core.preprocessing.adaptive_histogram_equalization 中的类） add_timestamp（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ExportConfig 属性） algorithm（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） algorithm（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性）

ants_2_itk()（habit.utils.image_converter.ImageConverter 静态方法） apply_preprocessing() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） apply_target_threshold()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） apply_threshold()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） apply_youden_threshold()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中）

B

base_dir（habit.core.common.config_loader.PathResolver 属性） BaseClusteringStrategy（habit.core.habitat_analysis.strategies.base_strategy 中的类） BaseConfig.Config（habit.core.common.config_base 中的类） BaseConfig（habit.core.common.config_base 中的类） BasePreprocessor（habit.core.preprocessing.base_preprocessor 中的类）

BaseWorkflow（habit.core.machine_learning.base_workflow 中的类） batch_convert_dicom_directories()（在 habit.core.preprocessing.dcm2niix_converter 模块中） batch_convert_subjects() （habit.core.preprocessing.dcm2niix_converter.Dcm2niixConverter 方法） batch_read_dicom_info()（在 habit.utils.dicom_utils 模块中） bin_strategy（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性）

C

calc_accuracy()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_auc()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_f1()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_hl_p()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_npv()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_ppv()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_sensitivity()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_specificity()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calc_spiegelhalter_p()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calculate_metrics()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calculate_metrics_at_target()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calculate_metrics_youden()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calculate_net_benefit()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） calculate_supervoxel_means() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） check_data_structure()（在 habit.utils.io_utils 模块中） classes_（habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 属性） clean_features() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） clean_prediction_data()（在 habit.core.common.dataframe_utils 模块中） clustering_mode（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatsSegmentionConfig 属性） compactness（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性）

compare_models() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.ModelEvaluator 方法） compute_dice()（在 habit.utils.dice_calculator 模块中） config_file（habit.core.common.config_base.BaseConfig 属性） config_file（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） config_version（habit.core.common.config_base.BaseConfig 属性） ConfigAccessor（habit.core.common.config_base 中的类） ConfigValidationError ConfigValidator（habit.core.common.config_validator 中的类） config（habit.core.machine_learning.workflows.prediction_workflow.PredictionWorkflow 属性） confusion_matrix（habit.core.machine_learning.evaluation.metrics.MetricsCache 属性） ConnectedComponentPostprocessConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） connectivity（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ConnectedComponentPostprocessConfig 属性） console_output（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.LoggingConfig 属性） corr_method（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性） corr_threshold（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性） COUNT（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ResultColumns 属性） create()（habit.core.preprocessing.preprocessor_factory.PreprocessorFactory 类方法） create_model()（habit.core.machine_learning.models.factory.ModelFactory 类方法） create_prediction_dataframe()（在 habit.core.common.dataframe_utils 模块中） CustomPreprocessor（habit.core.preprocessing.custom_preprocessor_template 中的类） CustomTqdm（habit.utils.progress_utils 中的类）

D

data_dir（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） Dcm2niixConverter（habit.core.preprocessing.dcm2niix_converter 中的类） debug（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） debug（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性）

delong_roc_ci()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） detect_image_names()（在 habit.utils.io_utils 模块中） DirectPoolingStrategy（habit.core.habitat_analysis.strategies.direct_pooling_strategy 中的类） disable_external_loggers()（在 habit.utils.log_utils 模块中） dpi（habit.core.machine_learning.visualization.km_survival.KMSurvivalPlotter 属性）

E

enabled（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ConnectedComponentPostprocessConfig 属性） enforce_connectivity（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） ensure_dataframe()（在 habit.core.common.dataframe_utils 模块中） error（habit.utils.parallel_utils.ProcessingResult 属性）, [1] estimators（habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 属性） evaluate() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.ModelEvaluator 方法） export_by_image_type（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ExportConfig 属性） export_combined（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ExportConfig 属性） export_format（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ExportConfig 属性） export_paths_to_yaml()（在 habit.utils.io_utils 模块中）

ExportConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） export（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性） extract_features() （habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer.HabitatMapAnalyzer 方法） extract_features() （habit.core.habitat_analysis.extractors.kinetic_feature_extractor.KineticFeatureExtractor 方法） extract_features() （habit.core.habitat_analysis.extractors.local_entropy_extractor.LocalEntropyExtractor 方法） extract_features() （habit.core.habitat_analysis.extractors.mean_voxel_features_extractor.MeanVoxelFeaturesExtractor 方法） extract_features() （habit.core.habitat_analysis.extractors.supervoxel_radiomics_extractor.SupervoxelRadiomicsExtractor 方法）, [1] extract_features() （habit.core.habitat_analysis.extractors.voxel_radiomics_extractor.VoxelRadiomicsExtractor 方法）, [1] extract_supervoxel_features() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） extract_voxel_features() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） extra（habit.core.common.config_base.BaseConfig.Config 属性）

F

feature_types（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） FeatureConstructionConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） FeatureConstruction（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） FeatureExtractionConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） FeatureManager（habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager 中的类） file_output（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.LoggingConfig 属性）

fit() （habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 方法） fixed_n_clusters（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） fixed_n_clusters（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.OneStepSettings 属性） font_family（habit.core.machine_learning.visualization.km_survival.KMSurvivalPlotter 属性） font_size（habit.core.machine_learning.visualization.km_survival.KMSurvivalPlotter 属性） from_dict()（habit.core.common.config_base.BaseConfig 类方法） from_file()（habit.core.common.config_base.BaseConfig 类方法）

G

get() （habit.core.common.config_base.BaseConfig 方法） get() （habit.core.common.config_base.ConfigAccessor 方法） get_available_classes()（在 habit.core.habitat_analysis 模块中） get_available_models()（habit.core.machine_learning.models.factory.ModelFactory 类方法） get_available_preprocessors()（habit.core.preprocessing.preprocessor_factory.PreprocessorFactory 类方法） get_dicom_files()（在 habit.utils.dicom_utils 模块中） get_feature_names() （habit.core.habitat_analysis.extractors.kinetic_feature_extractor.KineticFeatureExtractor 方法） get_feature_names() （habit.core.habitat_analysis.extractors.local_entropy_extractor.LocalEntropyExtractor 方法） get_feature_names() （habit.core.habitat_analysis.extractors.mean_voxel_features_extractor.MeanVoxelFeaturesExtractor 方法） get_feature_names() （habit.core.habitat_analysis.extractors.supervoxel_radiomics_extractor.SupervoxelRadiomicsExtractor 方法）, [1] get_feature_names() （habit.core.habitat_analysis.extractors.voxel_radiomics_extractor.VoxelRadiomicsExtractor 方法）, [1]

get_image_and_mask_paths()（在 habit.utils.io_utils 模块中） get_import_errors()（在 habit.core.habitat_analysis 模块中） get_log_file() （habit.utils.log_utils.LoggerManager 方法） get_logger() （habit.utils.log_utils.LoggerManager 方法） get_mask_and_raw_files() （habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer.HabitatMapAnalyzer 方法） get_metadata()（habit.utils.image_converter.ImageConverter 静态方法） get_metric() （habit.core.machine_learning.evaluation.metrics.MetricsCache 方法） get_module_logger()（在 habit.utils.log_utils 模块中） get_one_dicom_per_folder()（在 habit.utils.dicom_utils 模块中） get_resolved_fields() （habit.core.common.config_loader.PathResolver 方法） get_section() （habit.core.common.config_base.ConfigAccessor 方法） global_normalize（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性）

H

habit.core.common module habit.core.common.config_base module habit.core.common.config_loader module habit.core.common.config_validator module habit.core.common.dataframe_utils module habit.core.habitat_analysis module habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer module habit.core.habitat_analysis.config_schemas module habit.core.habitat_analysis.extractors.supervoxel_radiomics_extractor module habit.core.habitat_analysis.extractors.voxel_radiomics_extractor module habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager module habit.core.habitat_analysis.strategies.base_strategy module habit.core.habitat_analysis.strategies.direct_pooling_strategy module habit.core.habitat_analysis.strategies.one_step_strategy module habit.core.habitat_analysis.strategies.two_step_strategy module habit.core.machine_learning module habit.core.machine_learning.base_workflow module habit.core.machine_learning.evaluation.metrics module habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation module habit.core.machine_learning.models.ensemble module habit.core.machine_learning.models.factory module habit.core.machine_learning.visualization.km_survival module habit.core.machine_learning.visualization.plotting module habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow module habit.core.machine_learning.workflows.holdout_workflow module habit.core.machine_learning.workflows.kfold_workflow module

habit.core.machine_learning.workflows.prediction_workflow module habit.core.preprocessing module habit.core.preprocessing.adaptive_histogram_equalization module habit.core.preprocessing.base_preprocessor module habit.core.preprocessing.custom_preprocessor_template module habit.core.preprocessing.dcm2niix_converter module habit.core.preprocessing.histogram_standardization module habit.core.preprocessing.n4_correction module habit.core.preprocessing.preprocessor_factory module habit.core.preprocessing.registration module habit.core.preprocessing.resample module habit.core.preprocessing.zscore_normalization module habit.utils.dice_calculator module habit.utils.dicom_utils module habit.utils.image_converter module habit.utils.io_utils module habit.utils.log_utils module habit.utils.parallel_utils module habit.utils.progress_utils module habit.utils.visualization module habitat_cluster_selection_method（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） habitat_pattern（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） HabitatAnalysisConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） HabitatClusteringConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） HabitatMapAnalyzer（habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer 中的类） habitats_map_folder（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） HabitatsSegmentionConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） HabitatsSegmention（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） HABITATS（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ResultColumns 属性） habitat（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatsSegmentionConfig 属性） HabitEnsembleModel（habit.core.machine_learning.models.ensemble 中的类） has() （habit.core.common.config_base.ConfigAccessor 方法） HistogramStandardization（habit.core.preprocessing.histogram_standardization 中的类）

I

ImageConverter（habit.utils.image_converter 中的类） images_folder（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PathsConfig 属性） images_folder（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性） is_class_available()（在 habit.core.habitat_analysis 模块中）

is_feature_column()（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ResultColumns 类方法） is_path_field() （habit.core.common.config_loader.PathResolver 方法） is_path_value() （habit.core.common.config_loader.PathResolver 方法） item_id（habit.utils.parallel_utils.ProcessingResult 属性）, [1] itk_2_ants()（habit.utils.image_converter.ImageConverter 静态方法）

K

KineticFeatureExtractor（habit.core.habitat_analysis.extractors.kinetic_feature_extractor 中的类）

KMSurvivalPlotter（habit.core.machine_learning.visualization.km_survival 中的类）

L

level（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.LoggingConfig 属性） list_available_tags()（在 habit.utils.dicom_utils 模块中） load_and_validate_config()（在 habit.core.common.config_validator 模块中） load_config()（在 habit.core.common.config_loader 模块中） load_config_with_paths()（在 habit.core.common.config_loader 模块中）

load_timestamp()（在 habit.utils.io_utils 模块中） LocalEntropyExtractor（habit.core.habitat_analysis.extractors.local_entropy_extractor 中的类） LoggerManager（habit.utils.log_utils 中的类） logger（habit.core.machine_learning.workflows.prediction_workflow.PredictionWorkflow 属性） LoggingConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） logging（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性）

M

MachineLearningKFoldWorkflow（habit.core.machine_learning.workflows.kfold_workflow 中的类） MachineLearningWorkflow（habit.core.machine_learning.workflows.holdout_workflow 中的类） map() （habit.utils.parallel_utils.ParallelProcessor 方法） max_clusters（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） max_clusters（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.OneStepSettings 属性） max_iterations（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ConnectedComponentPostprocessConfig 属性） max_iter（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） max_iter（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） MeanVoxelFeaturesExtractor（habit.core.habitat_analysis.extractors.mean_voxel_features_extractor 中的类） metadata_columns()（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ResultColumns 类方法） methods（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingConfig 属性） method（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性） method（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelLevelConfig 属性） method（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.VoxelLevelConfig 属性） MetricsCache（habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 中的类） min_clusters（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） min_clusters（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.OneStepSettings 属性） min_component_size（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ConnectedComponentPostprocessConfig 属性） model_config（habit.core.common.config_base.BaseConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ConnectedComponentPostprocessConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ExportConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureConstructionConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatsSegmentionConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.LoggingConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.OneStepSettings 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PathsConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ProcessingConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelLevelConfig 属性） model_config（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.VoxelLevelConfig 属性） ModelComparison（habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow 中的类） ModelEvaluator（habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation 中的类） ModelFactory（habit.core.machine_learning.models.factory 中的类） module habit.core.common habit.core.common.config_base habit.core.common.config_loader habit.core.common.config_validator habit.core.common.dataframe_utils habit.core.habitat_analysis habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer habit.core.habitat_analysis.config_schemas habit.core.habitat_analysis.extractors.supervoxel_radiomics_extractor habit.core.habitat_analysis.extractors.voxel_radiomics_extractor habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager habit.core.habitat_analysis.strategies.base_strategy habit.core.habitat_analysis.strategies.direct_pooling_strategy habit.core.habitat_analysis.strategies.one_step_strategy habit.core.habitat_analysis.strategies.two_step_strategy habit.core.machine_learning habit.core.machine_learning.base_workflow habit.core.machine_learning.evaluation.metrics habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation habit.core.machine_learning.models.ensemble habit.core.machine_learning.models.factory habit.core.machine_learning.visualization.km_survival habit.core.machine_learning.visualization.plotting habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow habit.core.machine_learning.workflows.holdout_workflow habit.core.machine_learning.workflows.kfold_workflow habit.core.machine_learning.workflows.prediction_workflow habit.core.preprocessing habit.core.preprocessing.adaptive_histogram_equalization habit.core.preprocessing.base_preprocessor habit.core.preprocessing.custom_preprocessor_template habit.core.preprocessing.dcm2niix_converter habit.core.preprocessing.histogram_standardization habit.core.preprocessing.n4_correction habit.core.preprocessing.preprocessor_factory habit.core.preprocessing.registration habit.core.preprocessing.resample habit.core.preprocessing.zscore_normalization habit.utils.dice_calculator habit.utils.dicom_utils habit.utils.image_converter habit.utils.io_utils habit.utils.log_utils habit.utils.parallel_utils habit.utils.progress_utils habit.utils.visualization

MultifileEvaluator（habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation 中的类）

N

N4BiasFieldCorrection（habit.core.preprocessing.n4_correction 中的类） n_bins（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性） n_clusters（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） n_habitats（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） n_init（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性）

n_init（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） n_processes（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） n_processes（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ProcessingConfig 属性） n_processes（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性） normalize_probabilities()（在 habit.core.common.dataframe_utils 模块中） numpy_to_tensor()（habit.utils.image_converter.ImageConverter 静态方法）

O

one_step_settings（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） OneStepSettings（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） OneStepStrategy（habit.core.habitat_analysis.strategies.one_step_strategy 中的类） ORIGINAL_SUFFIX（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ResultColumns 属性）

out_dir（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） out_dir（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） out_dir（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PathsConfig 属性） out_dir（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性） output_dir（habit.core.machine_learning.visualization.km_survival.KMSurvivalPlotter 属性）

P

parallel_map()（在 habit.utils.parallel_utils 模块中） parallel_map_simple()（在 habit.utils.parallel_utils 模块中） ParallelProcessor（habit.utils.parallel_utils 中的类） params_file_of_habitat（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） params_file_of_non_habitat（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） params_file（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PathsConfig 属性） params_file（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性） params（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelLevelConfig 属性） params（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.VoxelLevelConfig 属性） PathResolver（habit.core.common.config_loader 中的类） PathsConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） paths（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性） patterns（habit.core.common.config_loader.PathResolver 属性） pipeline_path（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） plot_calibration() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） plot_calibration_v2() （habit.core.machine_learning.visualization.plotting.Plotter 方法） plot_cluster_results()（在 habit.utils.visualization 模块中） plot_cluster_scores()（在 habit.utils.visualization 模块中） plot_confusion_matrix() （habit.core.machine_learning.visualization.plotting.Plotter 方法） plot_curves() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.ModelEvaluator 方法） plot_curves（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） plot_dca() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） plot_dca_v2() （habit.core.machine_learning.visualization.plotting.Plotter 方法） plot_elbow_curve()（在 habit.utils.visualization 模块中）

plot_km() （habit.core.machine_learning.visualization.km_survival.KMSurvivalPlotter 方法） plot_multiple_scores()（在 habit.utils.visualization 模块中） plot_pr_curve() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） plot_pr_curve() （habit.core.machine_learning.visualization.plotting.Plotter 方法） plot_roc() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） plot_roc_v2() （habit.core.machine_learning.visualization.plotting.Plotter 方法） plot_shap() （habit.core.machine_learning.visualization.plotting.Plotter 方法） plot_validation_curves（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.OneStepSettings 属性） Plotter（habit.core.machine_learning.visualization.plotting 中的类） postprocess_habitat（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatsSegmentionConfig 属性） postprocess_supervoxel（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatsSegmentionConfig 属性） predict() （habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 方法） predict_proba() （habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 方法） PredictionWorkflow（habit.core.machine_learning.workflows.prediction_workflow 中的类） preprocessing_for_group_level（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureConstructionConfig 属性） preprocessing_for_subject_level（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureConstructionConfig 属性） PreprocessingConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） PreprocessingMethod（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） PreprocessorFactory（habit.core.preprocessing.preprocessor_factory 中的类） process_image_types（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ProcessingConfig 属性） process_subject() （habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer.HabitatMapAnalyzer 方法） processes（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） ProcessingConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） ProcessingResult（habit.utils.parallel_utils 中的类） processing（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.RadiomicsConfig 属性）

R

RadiomicsConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） random_state（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） random_state（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatClusteringConfig 属性） random_state（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） raw_config（habit.core.common.config_base.ConfigAccessor 属性） raw_img_folder（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureExtractionConfig 属性） read_dicom_tags()（在 habit.utils.dicom_utils 模块中） read_prediction_files() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） reassign_method（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ConnectedComponentPostprocessConfig 属性） register()（habit.core.machine_learning.models.factory.ModelFactory 类方法） register()（habit.core.preprocessing.preprocessor_factory.PreprocessorFactory 类方法） register_metric()（在 habit.core.machine_learning.evaluation.metrics 模块中） RegistrationPreprocessor（habit.core.preprocessing.registration 中的类） remove_nan_arrays()（在 habit.core.common.dataframe_utils 模块中） ResamplePreprocessor（habit.core.preprocessing.resample 中的类） resolve() （habit.core.common.config_loader.PathResolver 方法）

resolve_config_paths()（在 habit.core.common.config_loader 模块中） resolve_path() （habit.core.common.config_loader.PathResolver 方法） resolved_count（habit.core.common.config_loader.PathResolver 属性） restore_logging_in_subprocess()（在 habit.utils.log_utils 模块中） ResultColumns（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） result（habit.utils.parallel_utils.ProcessingResult 属性）, [1] run() （habit.core.habitat_analysis.analyzers.habitat_analyzer.HabitatMapAnalyzer 方法） run() （habit.core.habitat_analysis.strategies.base_strategy.BaseClusteringStrategy 方法） run() （habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow.ModelComparison 方法） run_delong_test() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） run_dice_calculation()（在 habit.utils.dice_calculator 模块中） run_evaluation() （habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow.ModelComparison 方法） run_mode（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） run_pipeline() （habit.core.machine_learning.base_workflow.BaseWorkflow 方法） run_pipeline() （habit.core.machine_learning.workflows.holdout_workflow.MachineLearningWorkflow 方法） run_pipeline() （habit.core.machine_learning.workflows.kfold_workflow.MachineLearningKFoldWorkflow 方法） run_pipeline() （habit.core.machine_learning.workflows.prediction_workflow.PredictionWorkflow 方法）

S

safe_validate()（habit.core.common.config_validator.ConfigValidator 静态方法） save_all_metrics() （habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow.ModelComparison 方法） save_config()（在 habit.core.common.config_loader 模块中） save_csv()（在 habit.utils.io_utils 模块中） save_every_n_files（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ProcessingConfig 属性） save_habitat_image()（在 habit.utils.io_utils 模块中） save_images（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） save_json()（在 habit.utils.io_utils 模块中） save_merged_data() （habit.core.machine_learning.evaluation.model_evaluation.MultifileEvaluator 方法） save_merged_data() （habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow.ModelComparison 方法） save_results()（在 habit.utils.io_utils 模块中） save_results_csv（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） save_supervoxel_image()（在 habit.utils.io_utils 模块中） selection_method（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.OneStepSettings 属性） set_data_paths() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） set_description() （habit.utils.progress_utils.CustomTqdm 方法） set_logging_info() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法）

set_score_request() （habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 方法） setup() （habit.core.machine_learning.workflows.comparison_workflow.ModelComparison 方法） setup_logger()（在 habit.utils.log_utils 模块中） setup_logging()（在 habit.utils.io_utils 模块中） setup_output_logger()（在 habit.utils.log_utils 模块中） setup_root_logger() （habit.utils.log_utils.LoggerManager 方法） setup_supervoxel_files() （habit.core.habitat_analysis.managers.feature_manager.FeatureManager 方法） should_resolve() （habit.core.common.config_loader.PathResolver 方法） sigma（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelClusteringConfig 属性） SUBJECT（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ResultColumns 属性） success（habit.utils.parallel_utils.ProcessingResult 属性）, [1] supervoxel_file_keyword（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.SupervoxelLevelConfig 属性） supervoxel_level（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureConstructionConfig 属性） SupervoxelClusteringConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） SupervoxelLevelConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） SupervoxelRadiomicsExtractor（habit.core.habitat_analysis.extractors.supervoxel_radiomics_extractor 中的类）, [1] supervoxel（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatsSegmentionConfig 属性） SUPERVOXEL（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ResultColumns 属性）

T

target_labels（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.ProcessingConfig 属性） tensor_to_numpy()（habit.utils.image_converter.ImageConverter 静态方法）

to_dict() （habit.core.common.config_base.BaseConfig 方法） to_dict() （habit.core.common.config_base.ConfigAccessor 方法） TwoStepStrategy（habit.core.habitat_analysis.strategies.two_step_strategy 中的类）

U

unwrap() （habit.utils.parallel_utils.ProcessingResult 方法）

update() （habit.utils.progress_utils.CustomTqdm 方法） use_enum_values（habit.core.common.config_base.BaseConfig.Config 属性）

V

validate() （habit.core.common.config_base.BaseConfig 方法） validate_and_load()（habit.core.common.config_validator.ConfigValidator 静态方法） validate_assignment（habit.core.common.config_base.BaseConfig.Config 属性） validate_binary_labels()（在 habit.core.common.dataframe_utils 模块中） validate_config()（在 habit.core.common.config_loader 模块中） validate_dict()（habit.core.common.config_validator.ConfigValidator 静态方法） validate_mode_dependent_fields() （habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 方法）

validate_probabilities()（在 habit.core.common.dataframe_utils 模块中） variance_threshold（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性） verbose（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.HabitatAnalysisConfig 属性） voting（habit.core.machine_learning.models.ensemble.HabitEnsembleModel 属性） voxel_level（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.FeatureConstructionConfig 属性） VoxelLevelConfig（habit.core.habitat_analysis.config_schemas 中的类） VoxelRadiomicsExtractor（habit.core.habitat_analysis.extractors.voxel_radiomics_extractor 中的类）, [1]

W

winsor_limits（habit.core.habitat_analysis.config_schemas.PreprocessingMethod 属性）

Z

ZScoreNormalization（habit.core.preprocessing.zscore_normalization 中的类）